هذه الجمعية أنشئت لأول مرة في 18 يونيو 1988 باسم مؤسسة  فتح المعين  ، استنادا إلى الرخصة التي أ صد رها كاتب العدل عبد الله سهل ولتجنب الانطباع و التقديس لشخصية الشيخ فتح المعين ( أحد العلماء البارزين في سلاويسي الجنوبية الذي كان  يشرف على مؤسسي هذه المؤسسة ويربيهم) و حتى تصبح المؤسسة  لبية في توحيد صفوف الأمة ، تم تغيير المؤسسة إلى مؤسسة الوحدة الإسلامية و ذلك في تاريخ 19 فبراير 1998 ميلادية بناء على الرخصة رقم 059 التي أصدرها كاتب العدل الأستاذ سول فريان

و في إطار خطة إنشاء جامعة إسلامية، أضيفت كلمة (معهد) في اسم المؤسسة فيصير " مؤسسة معهد الوحدة الإسلامية" لتلقي بظلالها على جميع مؤسسات التعليم بكل مستوياتها. وهذا التعبير بناء على الرخصة رقم 055 تاريخ 2000 ميلادية

ثم تطورت حركة الدعوة التي أشرف عليها الوحدة الإسلامية بحيث لم يعد ممكنا لهذه المؤسسة أن تتحرك على شكل المؤسسة ففي جلسة الشورى المنعقدة في  1 رجب 1422 هـ الموافق 14 أبريل 2002 م تم الاتفاق على إنشاء جمعية إسلامية بنفس المسمى : جمعية الوحدة الإسلامية

ومنذ ذلك الوقت، اقتصر دور مؤسسة معهد الوحدة الإسلامية في الاشراف على مؤسسات تعليمية لدى الجمعية